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研究成果

論文

2018年

  1. R. Takeda, R. Suzuki, I. Kobayashi, K. Kawai,  A. Kittaka,  M. Takimoto-Kamimura and N. Kurita “Specific interactions between vitamin D receptor and ligand depending on its chirality: ab initio fragment molecular orbital calculations” Chem-Bio Informatics Journal, 18, 32-43 (2018). (https://doi.org/10.1273/cbij.18.32)
  2. Y. Yagi, T. Kimura, M, Kamezawa, Y. Naoshima “Biomolecular Chemical Simulations toward Elucidation of  the Enantioselectivity and Reactivity of Lipases in Organic Synthesis” Chem-Bio Informatics Journal, 18, 21-31 (2018). (https://doi.org/10.1273/cbij.18.21)
  3. R. Takeda, I. Kobayashi, R. Suzuki, K. Kawai, A. Kittaka, M. Takimoto-Kamimura and N. Kurita “Proposal of potent inhibitors for vitamin-D receptor based on ab initio fragment molecular orbital calculations”  J. Mol. Graph. Model., 80, 320-326 (2018). (https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2018.01.014)
  4. Y. Tsuchiya, Y. Namiuchi, H. Wako, and H. Tsurui A study of CDR3 loop dynamics reveals distinct mechanisms of peptide recognition by Tcell receptors exhibiting different levels of crossreactivity”  Immunology, 153, 466-478 (2018). (https://doi.org/10.1111/imm.12849)
  5. K. Maruyama, Y. Sheng, H. Watanabe, K. Fukuzawa, and S. Tanaka  “Application of Singular Value Decomposition to the Inter-Fragment Interaction Energy Analysis for Ligand Screening” Comput. Theor. Chem., 1132, 23-34 (2018). (https://doi.org/10.1016/j.comptc.2018.04.001)

2017年

  1. K. Shimamura, H. Ishimura, I. Kobayashi, R. Kadoya, K. Kawai, M. Takimoto-Kamimura, and N. Kurita “Molecular dynamics and ab initio FMO calculations on the effect of water molecules on the interactions between androgen receptor and its ligand and cofactor” Proceedings of The 2016 International Conference On Advanced Informatics, 2016, Penang, Malaysia. (DOI: 10.1109/ICAICTA.2016.7803095)
  2.  I. Kobayashi, K. Shimamura, H. Ishimura, R. Kadoya, K. Kawai, M. Takimoto-Kamimura, and N. Kurita “Effect of cofactor-binding on the specific interactions between androgen receptor and its ligand: ab initio molecular simulations” Proceedings of The 2016 International Conference On Advanced Informatics, 2016, Penang, Malaysia, accepted. (DOI:10.1109/ICAICTA.2016.7803088)
  3. R. Takeda, I. Kobayashi, K. Shimamura, H. Ishimura, R. Kadoya, K. Kawai, A. Kittaka, M. Takimoto-Kamimura and, N. Kurita “Specific interactions between vitamin-D receptor and its ligands: ab initio molecular orbital calculations in water” J. Steroid Biochem. Mol. Biol., 171, 75-79 (2017). (DOI:10.1016/j.jsbmb.2017.02.018)
  4. 福澤薫「量子論に基づくタンパク質―化学物質相互作用解析~FMO創薬の実現に向けた取り組み」日本薬理学雑誌 149, 240-246 (2017). (DOI:10.1254/fpj.149.240)
  5. S. Uehara, S. Tanaka “Cosolvent-Based Molecular Dynamics for Ensemble Docking: Practical Method for Generating Druggable Protein Conformations” J. Chem. Inf. Model., 57, 742-756  (2017). (DOI:10.1021/acs.jcim.6b00791)
  6. M. Ozawa, T. Ozawa, and K. Ueda “Application of the fragment molecular orbital method analysis to fragment-based drug discovery of BET (bromodomain and extra-terminal proteins) inhibitors” J. Mol. Graph. Model., 74, 73-82 (2017). (https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2017.02.013)
  7. M. Ozawa, T. Ozawa, M. Nishio, and K. Ueda “The role of CH/π interactions in the high affinity binding of streptavidin and biotin” J. Mol. Graph. Model., 75, 117-124 (2017). https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2017.05.002
  8. Y. Komeiji, Y. Okiyama, Y. Mochizuki, and K. Fukuzawa “Explicit solvation of single-stranded DNA,a binding protein, and their complex: a suitable protocol for fragment molecular orbital calculation” Chem-Bio Informatics Journal, 17, 72-84 (2017).  (https://doi.org/10.1273/cbij.17.72)
  9. 中野達也,望月祐志,福澤薫,沖山佳生,渡邉千鶴「Bond detached atom (BDA)を共有しているフラグメント間の相互作用エネルギーの補正に関する試み」Journal of Computer Aided Chemistry, 18, 143-148(2017).   (https://doi.org/10.2751/jcac.18.143)
  10. C. Watanabe, H. Watanabe, K. Fukuzawa, Lorien J. Parker, Y. Okiyama, H. Yuki, S. Yokoyama, H. Nakano, S. Tanaka, and T. Honma “Theoretical Analysis of Activity Cliffs among Benzofuranone-Class Pim1 Inhibitors Using the Fragment Molecular Orbital Method with Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (FMO+MM-PBSA) Approach” J. Chem. Inf. Model., 57, 2996-3010 (2017). (DOI: 10.1021/acs.jcim.7b00110)
  11. I. Kobayashi, R. Takeda, R. Suzuki, K. Shimamura, H. Ishimura, R. Kadoya, K. Kawai, M. Takimoto-Kamimura, and N. Kurita “Specific interactions between androgen receptor and its ligand: ab initio molecular orbital calculations in water” J. Mol. Graph. Model., 75, 383-389 (2017). (https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2017.06.003)

 

2016年

  1. M. Sugimoto, T. Inoue “Electronic Similarity among Protein-Ligand Complexes: Development of the Interaction-Energy Projection Method” J. Comput. Chem. Jpn., 15, 238-240 (2016).  (https://doi.org/10.2477/jccj.2016-0061)
  2. K. Tokuda, C. Watanabe, Y. Okiyama, Y. Mochizuki, K. Fukuzawa, and Y. Komeiji “Hydration of Ligands of Influenza Virus Neuraminidase Studied by the Fragment Molecular Orbital Method” J. Mol. Graph. Model., 69, 144-153 (2016). ( https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2016.08.004)
  3. S. Uehara, S. Tanaka “AutoDock-GIST: Incorporating Thermodynamics of Active-Site Water into Scoring Function for Accurate Protein-Ligand Docking” Molecules, 21, 1604-1624 (2016). (DOI:10.3390/molecules21111604)

 

講演・学会発表

2018年

  1. 渡邉千鶴「巨大系量子化学計算のためのフラグメント分子軌道法(FMO)とその解析事例」生物学・光源・物性研究者による量子生物学勉強会(2)、水戸20182月)
  2. T. Takei, K. Hayashi, A. Hoshi, M. Higashihara, M. Xuan, J. Takayama, M. Tomoda, H. Miyamae, T. Sakamoto, “Asymmetric Synthesis and Evaluation of Anti-HIV-1 Activity of Alkenyldiarylmethanes Incorporating Sulfoxides”, 138th Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan 2018, March 25-28, 2018, Kanazawa, Ishikawa, Japan.
  3. A. Katagiri, A. Hoshi, T. Takei, K. Nakamura, Y. Yoshikawa, M. Xuan, J. Takayama, M. Okazaki, T. Sakamoto, M. Cushman, “Evaluation of HIV-1 Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor Alkenyldiarylmethanes Incorporating Oxadiazoles”, 138th Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan 2018, March 25-28, Kanazawa, Ishikawa, Japan.
  4. 川下理日人「蛋白質の構造とコンピュータ解析で迫るウイルス学研究」 第2回大安研セミナー、大阪(2018年9月)
  5. Y. Yagi, T. Kimura, C. Watanabe, H. Moriwaki, Y. Okiyama, S. Tanaka, T. Honma, K. Fukuzawa, “Comprehensive Protein-Ligand Interaction Analysis: FMO Calculation on the complexes of a Human Protease Renin and its Inhibitors”, Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2018, Oct.9-11, 2018, Funabori, Tokyo, Japan.
  6. N. Mori, T. Takagi, Y.-S. Tian, N. Kawashita, “Interaction analysis of DPP4 inhibitor by fragment molecular orbital method”, 19th International Conference on Medicinal Chemistry & Multi Targeted Drug Delivery,  Nov.5-6, 2018, SanFrancisco, USA.

2017年

  1. 福澤薫「フラグメント分子軌道法を用いたインシリコ創薬基盤技術の開発」日本薬学会第137年会、仙台(2017年3月)
  2. C. Watanabe, Y. Okiyama, D. Takaya, S. Nagase, K. Kamisaka, H. Watanabe, K. Fukuzawa, and T. Honma, Construction of IFIE-database with semi-automated FMO calculation protocolThe 11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2017),. Aug. 27-Sep. 1, 2017, Munich, Germany.
  3. 矢城陽一朗、木村崇知、亀澤 誠「薬剤効果の予測に向けた生体分子量子化学計算」第61回 香料・テルペンおよび精油化学に関する討論会、金沢 (2017年9月)
  4. I. Kobayashi, R. Takeda, R. Suzuki, K. Shimamura, H. Ishimura, R. Kadoya, K. Kawai, M. Takimoto-Kamimura, and N. Kurita “FMO calculations on specific interactions between androgen receptor and non-steroid agents” Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2017, Oct. 3-5, 2017, Funabori, Tokyo, Japan.
  5. R. Takeda, I. Kobayashi, K. Shimamura, H. Ishimura, R. Kadoya, K. Kawai, A. Kittaka, M.Takimoto-Kamimura, and N. Kurita “FMO calculations on specific interactions between vitamin-D receptor and its ligands” Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2017, Oct. 3-5, 2017, Funabori, Tokyo, Japan.
  6. Y. Yagi, T. Kimura, C. Watanabe, Y. Okiyama, S. Tanaka, T. Honma, and K. Fukuzawa “The Role of Water Molecules in Protein-Ligand Binding: Fragment Molecular Orbital Calculations on the Complexes of Renin with its Inhibitors” Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2017, Oct. 3-5, 2017, Funabori, Tokyo, Japan.
  7. C. Watanabe, D. Takaya, S. Nagase, K. Kamisaka, Y. Okiyama, K. Fukuzawa, and T. Honma,Construction of FMO IFIE-database Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2017, Oct. 3-5, 2017, Funabori, Tokyo, Japan.
  8. N.Kawashita, Y.Hashimoto, H.Moriwaki, Yu-Shi Tian, and T.TakagiInteraction Analysis between Beta-Secretase and its Inhibitors by Fragment Orbital Method Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2017, Oct. 3-5, 2017, Funabori, Tokyo, Japan.
  9. H.Tsurui, Y.Tsuchiya, Y.Namiuchi, and H.Wako, Characterization of TCR-pMHCinteraction at residue-level based on FMO and PIEDA Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2017, Oct. 3-5, 2017, Funabori, Tokyo, Japan.
  10. 井上貴文、杉本 学「三次元的電子状態トポロジーの形状類似性評価手法の開発」 第40回ケモインフォマティクス討論会宇部201710月)
  11. 川下理日人 「蛋白質の構造とコンピュータ解析で迫るウイルス学研究」 第29回量子系分子科学セミナー、 神戸(2017年11月)
  12. N. Motoyama, T. Takagi, Tian Yu-Shi, H. Moriwaki, and N. KawashitaInteraction analysis of MDM2 inhibitor by fragment molecular orbital method 18th International Conference on Medicinal Chemistry & Targeted Drug Delivery, Dec. 6-8, 2017, Dallas, USA.
  13. H. Tsurui,TCR-pMHC complex by Fragment Molecular Orbital (FMO) calculation 日本免疫学会2017年大会, 仙台(201712 

2016年

  1. 福澤薫「FMO創薬コンソーシアムFMO創薬コンソーシアムにおけるタンパク質-リガンド相互作用の高精度解析と創薬への応用」バイオグリッド研究会2016、大阪(2016年5月)招待講演 
  2. 橋本悠司、 川下理日人、 森脇寛智、田 雨時、高木達也「フラグメント分子軌道(FMO)法を用いたタンパク質-低分子阻害剤間相互作用解析」第14回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム,大阪(2016年8月)
  3. 川下理日人、田雨時、高木達也「フラグメント分子軌道法による病原性蛋白質と宿主因子との相互作用解析」第10回分子科学討論会,神戸(2016年9月)
  4. 福澤薫「創薬分子設計におけるFMO法の役割」第10回分子科学討論会、神戸(2016年9月)
  5. 井上貴文、杉本 学、「タンパク質の結合ポケットの類似性に関する検討:FMO計算に基づく電子状態インフォマティクス解析」第39回ケモインフォマティクス討論会、静岡大学、浜松(2016年9月)
  6. 井上貴文、杉本 学、「タンパク質の結合ポケットの形状に関する電子状態インフォマティックス解析」、日本コンピュータ化学会2016秋季年会、島根大学、松江(2016年10月)
  7. 川下理日人、田雨時、高木達也「エボラウイルスVP35とその阻害剤との相互作用解析」第64回日本ウイルス学会学術集会、札幌(2016年10月) 
  8. 福澤薫「FMO創薬の実現に向けた取り組み」CBI学会2016年次大会、東京(2016年10月)招待講演
  9. Y. Yagi, T. Kimura, C. Watanabe, Y. Okiyama, S. Tanaka, T. Honma, and K. Fukuzawa “Fragment Molecular Orbital Calculations on the Interaction and Binding Energies of Human Protease Renin and its Inhibitors” Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2016, Oct. 25-27, 2015, Funabori, Tokyo, Japan.
  10. N. Motoyama, N. Kawashita, H. Moriwaki, Yu-Shi Tian, and T. Takagi “Interaction analysis of MDM2 inhibitor by fragment molecular orbital method” Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2016, Oct. 25-27, 2016, Funabori, Tokyo, Japan. 
  11. K. Maruyama, Y. Sheng, H. Watanabe, K. Fukuzawa, and S. Tanaka “Singular Value Decomposition in the FMO-IFIE Analysis for Ligand Screening” Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2016, Oct. 25-27, 2016, Funabori, Tokyo, Japan.
  12. C. Watanabe, Y. Okiyama, D. Takaya, S. Nagase, K. Kamisaka, H. Watanabe, and T. Honma “Semi-automated FMO calculation protocol for construction of IFIE-database” Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2016, Oct. 25-27, 2016, Funabori, Tokyo, Japan. 
  13. Y. Hashimoto, N. Kawashita, H. Moriwaki, Yu-Shi Tian, and T. Takagi “Analyses of protein – ligand interaction of BACE1 and its ligands using fragment molecular orbital method” 第44回構造活性相関シンポジウム、京都(2016年11月)
  14. 福澤薫「フラグメント分子軌道法による生体高分子およびナノバイオ系の量子化学計算」日本表面科学会 関東支部セミナー、東京(2016年11月)招待講演
  15. N. Kawashita, Yu-Shi Tian, and T. Takagi “Fragment molecular orbital method based interaction analysis between cell adhesion factor FimH and mannose derivatives” 5th International Conference on Medicinal Chemistry & Computer Aided Drug Designing and Drug Delivery,  Dec. 2016, Phoenix, Arizona, USA.

2015年

  1. K. Fukuzawa, C. Watanabe, Y. Okiyama, H. Watanabe, T. Honma, Y. Mochizuki, S. Anzaki, and S. Tanaka "Application of fragment molecular orbital method for structure-based drug design" Pacifichem 2015, Dec. 15-20, 2015, Honolulu, Hawaii, USA.
  2. S. Anzaki, C. Watanabe, Y. Okiyama, T. Honma, K. Fukuzawa, and S. Tanaka "Comprehensive Analysis of Protein-Ligand Interactions in Estrogen Receptor α Using Fragment Molecular Orbital Method" Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2015, Oct. 27-29, 2015, Funabori, Tokyo, Japan.
  3. Y. Sheng, K. Maruyama, H. Watanabe, Y. Okiyama, C. Watanabe, T. Honma, K. Fukuzawa, and S. Tanaka " Ligand Binding Analysis of p38 MAP Kinase with the Fragment Molecular Orbital Method" Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2015, Oct. 27-29, 2015, Funabori, Tokyo, Japan.
  4. Y. Okiyama, C. Watanabe, K. Fukuzawa, S. Tanaka, and T. Honma “Construction of research platform in FMO drug design consortium (FMODD)” Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2015, Oct. 27-29, 2015, Funabori, Tokyo, Japan.
  5. N. Kawashita, Y.-S. Tian, and T. Takagi "Interation analysis of cell adhesion inhibitor by fragment molecular oribital method" Chem-Bio Informatics Society (CBI) Annual Meeting 2015, Oct. 27-29, 2015, Funabori, Tokyo, Japan.
  6. 矢城陽一朗、直島好伸「タンパク質-有機化合物複合体のフラグメント分子軌道計算-酵素生体触媒反応と創薬への応用-」第38回 ケモインフォマティクス討論会、東京(2015年10月)
  7. 川下理日人、田雨時、高木達也「フラグメント分子軌道法を利用した細胞間接着阻害化合物の阻害能解析とその活性予測」第65回 日本薬学会近畿支部総会・大会、富田林(大阪)(2015年10月)
  8. 福澤薫「フラグメント分子軌道法の創薬への応用~FMO創薬の実現に向けて~」第43回 構造活性相関シンポジウム SAR2015、新潟(2015年9月)招待講演
  9. 川下理日人、田雨時、高木達也「フラグメント分子軌道法を利用した細胞間接着阻害化合物の相互作用解析」第13回次世代を担う若手のためのフィジカルファーマフォーラムPPF(2015)長崎(2015年8月)
  10. 直島好伸「タンパク質-化合物複合体の量子化学計算-酵素反応の解明と創薬への応用に向かって-」シンポジウム 生命科学に取り組む異分野の融合と交流の推進 第4回 スーパーコンピュータ「京」と生命科学、岡山(2015年6月)招待講演

その他

2016年度